Dès le XVIe siècle, le duc de Savoie entreprit de fortifier cette rade pour en faire un abri contre les incursions des barbaresques et une base de mouillage pour les galères armées. Il fit creuser le port de la darse et bâtir la citadelle. Jusqu'au XVIIIe siècle, Villefranche fut le grand port de l'Etat sarde, puis savoyard et déclina lorsque Nice se dota à son tour d'un port. Port de pêche à l'origine, Villefranche peut également s'enorgueillir d'un long passé consacré à la marine de guerre. Prêtée à la marine impériale russe après 1856 (guerre de Crimée) qui en fit une base de maintenance et d'approvisionnement jusqu'à la Première Guerre mondiale, la rade abrita la VIe flotte américaine pendant plusieurs années après la Seconde Guerre mondiale (guerre froide) et jusqu'à la sortie de la France de l'OTAN, en 1962.